女真人向來熟習弓馬，驍勇善戰，當時就有“女真不滿萬，滿萬不可敵”的俗語。

努爾哈赤在赫圖阿拉城稱汗后，舒爾哈齊被封為貝勒，成為第二號人物，地位僅次于兄長。隨著勢力的擴大，兩兄弟的感情在權力斗爭面前出現了裂痕，努爾哈赤隱隱感到了弟弟的威脅，開始有意貶低弟弟的功勞。受到兄長的猜疑，舒爾哈齊憤憤不平，也逐漸起了異心，萌發了與兄長分庭抗禮的念頭。舒爾哈齊一邊積極地與明朝發展密切關系，一邊通過聯姻等形式加強與諸女真部落的聯系，借以擴充實力。明萬歷二十四年（1596），他娶了烏拉部落的酋長布占泰之妹為妻，次年他又將自己的女兒嫁給了布占泰，如此一來他與烏拉部落便結成了牢固的同盟。因此，他的聲望逐漸與努爾哈赤平分秋色。女真各部酋長朝見時，兩兄弟分南北落座，同時受賀。朝鮮使者到滿洲，面見努爾哈赤和舒爾哈齊也是行相同的禮儀，并向兩人饋贈同樣的禮物。他們二人也分別舉行酒宴，在各自帳中款待朝鮮使者，回贈禮物。對外，兩人同是建州女真的首領，明朝的史書中分別稱他們為“都督努爾哈赤”和“都督舒爾哈齊”。

對于舒爾哈齊的這種行為，努爾哈赤感到忍無可忍。明萬歷二十七年（1599），努爾哈赤討伐哈達部。舒爾哈齊因懷疑城中敵人早有準備，出擊略顯躊躇。努爾哈赤在哈達城下當眾怒斥舒爾哈齊怯戰。舒爾哈齊心中不快，兩人的不和逐漸浮上水面。在諸貝勒共同參加的會議上，兩人常因意見相左而激烈爭吵。至此，兩兄弟的決裂已是無法避免。

明萬歷三十五年（1607），原歸屬烏拉部的蜚悠城準備率部眾歸附建州。舒爾哈齊和烏拉貝勒布占泰是姻親關系，他暗中將此事通報了布占泰。

努爾哈赤派兵迎護蜚悠城來歸部眾，舒爾哈齊為主帥，隨行的還有努爾哈赤的長子褚英、次子代善以及大將費英東等人。行軍途中，舒爾哈齊借口軍旗發光，不是吉兆，要求回師，褚英等人力爭，才得以前進。到達烏碣巖時，布占泰伏擊了建州軍，舒爾哈齊沒有參加戰斗，褚英、代善領兵拼死奮戰才突出重圍。

此后，努爾哈赤借口舒爾哈齊在烏碣巖之役作戰不力，下令將其麾下二將處死。舒爾哈齊激烈反對，二將才得以免死。努爾哈赤自此逐漸奪去他的兵權，嚴加防范。舒爾哈齊的地位由此一落千丈，他感到大禍將至，又不愿從此碌碌無為，于是與長子阿爾通阿、三子扎薩克圖商議，圖謀另立門戶。明萬歷三十七年（1609），舒爾哈齊帶著幾個兒子和部屬離開赫圖阿拉，移居渾河上游的黑扯木，公開與努爾哈赤決裂。

努爾哈赤大怒，他果斷采取了強硬措施，沒收了舒爾哈齊的家產，并誅殺了阿爾通阿和扎薩克圖。努爾哈赤余怒未消，還打算處死舒爾哈齊的次子阿敏，在皇太極等人的極力求情下，阿敏才逃過一劫。

努爾哈赤把舒爾哈齊囚禁在一間暗無天日的囚室中，四肢用鐵鎖鎖住，僅有一個洞“通飲食”，另一個洞“出便溺”。明萬歷三十九年（1611）八月，舒爾哈齊在囚禁中死去，時年48歲。有人認為，他是被努爾哈赤秘密殺害的。

繼舒爾哈齊之后，努爾哈赤的長子褚英也因權勢之爭步上了絕路。褚英生于明萬歷八年（1580），其母是努爾哈赤的發妻佟佳氏。他驍勇多謀，能征善戰，在烏碣巖大戰中，他的出色表現受到努爾哈赤的贊賞。自從舒爾哈齊死后，努爾哈赤開始讓褚英帶兵并主持國政。此舉說明努爾哈赤有意將汗位傳給褚英。這無疑使褚英成為了眾矢之的，尤其是四貝勒和五大臣的眼中釘。

四貝勒是努爾哈赤器重的四個子侄——代善、阿敏、莽古爾泰和皇太極，他們皆覬覦汗位，企圖推翻褚英的嗣子之位。早年跟隨努爾哈赤打天下的費英東、額亦都、何和禮、扈爾漢與安塞揚古五大臣也不滿年輕資歷淺的褚英凌駕于他們之上。褚英又操之過急，為了掌握軍國大權，不惜削弱四貝勒和五大臣的實力。如此一來，更加引起他們的不滿，也讓努爾哈赤隱隱感覺到被架空的威脅。

四貝勒和五大臣聯合向努爾哈赤告狀，狀告褚英為人不公，欺凌貝勒，威迫大臣。努爾哈赤令褚英當面對質，在眾叛親離的處境下，褚英只回答了句：“吾無話可辯。”究竟是心虛還是他知道辯也無用，后人無從得知，只知道褚英從此被解除了兵權。明萬歷四十一年（1613），褚英被幽禁，兩年后，他被努爾哈赤下令處死，年僅36歲。

金國汗死亡之謎

天命十一年（1626）正月，后金大軍抵達軍事重鎮寧遠城下，所向披靡的大軍遭到了明大將袁崇煥的頑強抵抗。激戰后，努爾哈赤兵退沈陽，不久便撒手人寰。

突然駕崩的努爾哈赤為自己的子孫們留下了未竟的大業，同時，也給后人留下了許多不解之謎。關于他的死因，史學界爭論不休，至今仍然沒有定論。爭論的焦點主要集中在：他是被袁崇煥的炮火所傷而死，還是因為身患毒疽不治身亡？

清代史料提及努爾哈赤之死時，稱他是得病而死，但是細節語焉不詳。崇德元年（1636）編纂成的《清太祖武皇帝實錄》卷四記載：

天命十一年七月二十三日，努爾哈赤感到身體不適，于是前往清河泡溫泉療養，沒想到月末卻更加嚴重了。他乘舟回京（盛京），派人請大妃前來迎接，兩人在渾河相遇。在離沈陽四十里的從生病到病逝，不過半個月時間，努爾哈赤到底得的是什么病？據《明熹宗實錄》記載，袁崇煥認為努爾哈赤是因為大敗于寧遠，抑郁憤懣，背上患毒疽而死。明人沈國元的《兩朝從信錄》也持同樣的說法。這樣看來，努爾哈赤的死因似乎已有定論，然而朝鮮人李星齡著的《春坡堂日月錄》卻出現了不同的說法。他認為努爾哈赤是因為攻打寧遠時為明軍的炮火所傷，所以才不治身亡。《春坡堂日月錄》提及朝鮮的一個翻譯官韓瑗受到袁崇煥的器重，跟隨在袁崇煥的身邊，親眼目睹了寧遠之戰的全過程。據史料記載，天命十一年（1626），努爾哈赤率軍來到寧遠城下。寧遠守將袁崇煥嚴詞拒絕努爾哈赤的招降，親率兵民萬人頑強守城。他們在寧遠城上架設了11門紅夷大炮，向后金大軍開火，造成敵軍傷亡無數。

努爾哈赤御冊、玉璽

那么努爾哈赤究竟有沒有被大炮擊傷呢？根據韓瑗的回憶，努爾哈赤在寧遠之戰中受了重傷，袁崇煥還準備了禮物，明為慰問，實為譏諷。由于受了重傷，并且精神上也受到極大的打擊，努爾哈赤整日悒悒不自得，最終郁郁而終。“炮擊重傷說”雖有合理之處，但同時也遭到了多名學者的質疑。不過，《春坡堂日月錄》是唯一的證據，沒有其他的史料可以佐證。從當時袁崇煥的反應來看，這一論斷也站不住腳，倘若努爾哈赤真的被炮擊傷，那就是明軍的重大勝利，然而為何袁崇煥在多次報告寧遠大捷的奏折中，沒有提及此事？明朝表彰袁崇煥的圣旨及大臣祝賀寧遠大捷的奏疏中，又為何只字不提努爾哈赤受傷一事？

再者，從寧遠之戰到努爾哈赤逝世，其間長達8個月，在這8個月中，努爾哈赤不僅親征蒙古，還回師沈陽抵抗明將毛文龍的進攻，看不出健康有何異常之處，直到七月才有了努爾哈赤生病的記錄。炮擊重傷說不能成立，然而抑郁病死說似乎也不準確，為何努爾哈赤直到寧遠之戰8個月后才抑郁病發？這個時間段未免過長了。很有可能是努爾哈赤年近七旬，多年馬上征戰給他的健康帶來了極大的隱患，再加上患上了難以治愈的背疽，所以不久便病逝。