性生理衛生主要是指性器官的衛生和對性生活中生理病變的應付措施。

首先，男女雙方都要注意保持性器官的清潔衛生。陰莖是男性的性交器官，精液經此排入女性陰道。陰莖外面有一層松弛、薄且有彈性的皮膚包皮，蓋在龜頭上的部分為包皮。成年后由于皮膚發育落后，包皮翻轉、龜頭顯露，或包皮過長不能翻轉就成了包莖。成年人有包莖，應到醫院檢查是否需要切除過長的包莖。因為包皮和龜頭之間常有一些分泌物積存，容易發生龜頭炎和包皮炎，而且易將“包皮垢”帶入女子的陰道，引起感染。婦產科學家認為包皮垢可能是一種引起宮頸癌的物質。所以，男子也要經常清洗陰莖和陰囊，特別要將冠狀溝內的垢物洗凈。

女性的外生殖器官就比男性復雜多了，大小陰唇構成了不少皺折，汗腺、皮脂腺、陰道分泌物也常積存。陰道前有尿道，后有肛門，容易遭到感染。所以外陰的清潔尤為必要。但急著等待受孕的婦女，性交后馬上起床清洗有使精液外溢之虞，不妨于次晨再洗。

女性的尿道比較短，只有4厘米左右，與陰道、肛門距離很近，外陰又有許多皺折，易使分泌物積存，細菌潛隱。新婚“蜜月”，性生活頻繁，雙方若不注意衛生，可將細菌帶入尿道，并侵入膀胱。因此，女性容易患尿道炎、膀胱炎、盆腔炎和附件炎。其原因主要是缺乏基本的解剖位置概念和性知識，不知道男性的尿道長，女性的尿道短，尿道與陰道只有一“壁”之隔，陰道的近鄰是最臟的肛門，而在性交前不作清洗，盲目地觸摸，污染尿道；其次是新婚時節忙碌勞累，生活不規律，抵抗力差，細菌乘虛而入。因此，歡度“蜜月”莫忘性器官衛生和勞逸結合。在新婚蜜月期里，新娘一旦出現尿頻、尿急、尿痛等癥狀，不管是否有發熱，都應注意到可能是“蜜月病”。此時，應立即停止性生活，及時到醫院的內科、婦產科或泌尿科就診。為配合治療，應多喝開水，安靜休息，在身體恢復前，禁止同房。

此外，夫婦除了要注意性交前生殖器官的清洗外，最好不要忽略了以下這點，就是在性交時，身下輔墊一層毛巾或易吸水的布物，以免弄臟了被褥，因為在性高潮后，由于性興奮會使一些腺體的分泌物和精液流出。