當岳飛最先到達幽州時，蒙古軍已經打了過來，燕云十六州一半以上的地區被蒙古軍輕易攻破，許多州縣全境被屠，百姓大批逃亡。岳飛率軍主動出擊，攻擊蒙古軍，因兵力過少而失利，但成功阻礙了蒙古軍的行動，給蒙古軍以很大的殺傷，保護了大量百姓順利南歸，逃脫了蒙古軍的屠刀。隨后狄鋒和韓世忠也感到了幽州，三大將定下了協同作戰的計劃，以較少的兵力向蒙古軍展開了反擊，接連給予蒙古軍以猛烈的打擊，其時蒙古內部發生了變亂，蒙古軍中又發生了疫病，于是退走，但燕云十六州三分之一的土地均落入蒙古軍手中。
    在得知蒙古軍進占燕云之地后，趙構一再命令三大將進兵收復失地，但此時宋軍主力已經在伐遼之役當中覆滅，三大將率領的軍隊多是新募之兵，缺少武器和訓練，人數又少，是以三大將先后上奏朝廷，說明現在的形勢和困難，請求朝廷多以糧餉支援，假以時日，等兵馬操練精熟，餉械齊備之后再行出擊，收復失地。
    三大將的又一次“抗命”讓趙構惱怒不已，但因邊塞局勢不穩，他需要三大將守邊，是以隱忍不發，還下旨褒獎了三大將一番，但對三大將請求糧餉支援的要求，則沒有任何的回應。
    萬不得已，岳飛和狄鋒、韓世忠商議后，開始采用宗澤當年守衛幽州的辦法，屯田結寨，以期固守，但蒙古人沒有給他們足夠的時間，不久內亂平息之后，蒙古軍便大舉南下，可能是上一次從軍隊當中發生疫病得到了啟示，蒙古軍在圍攻幽州時使用拋石機將大批因疫病而亡的兵民尸體拋入城中，結果使城中軍民感染上了被稱為“黑死病”的瘟疫，岳飛僅以身免。
    為了醫治全城軍民，岳飛不知聽信了誰的辦法，以自己的血為材料制藥，結果雖然醫好了一些人，但他自己的身體卻受到很大的傷害，最終幽州城被攻破，岳飛率軍與蒙古軍展開巷戰，力竭身亡。
    蒙古人對岳飛極為敬重，將其尸體以棺木盛殮，派宋軍降卒送至狄鋒鎮守的檀州，狄鋒將岳飛隆重下葬，立廟祭祀，并將岳飛死訊飛報朝廷。
    得知岳飛戰死，宋朝人人震恐，趙構更是嚇得魂不附體，不久傳聞蒙古軍繞開狄鋒和韓世忠的防區正向中原內地進發，流亡的百姓也將“黑死病”傳了過來，趙構匆匆下詔表彰了一下岳飛，賜謚“武穆”之后，便率領宮眷大臣們棄了東京開封南逃。不久“黑死病”果真在中原地區及東京城蔓延開來，造成了大批宋朝軍民死亡。
    此時蒙古軍也飽受“黑死病”的折磨，開始北返，狄鋒和韓世忠所鎮守的地方軍民也大批染病，不知為什么，狄鋒和韓世忠也做出了和岳飛一樣的事，以自己的血制藥救治軍民百姓，再以治好的人的血繼續制藥，醫治別人，但這樣的辦法仍然不能制止疫病的蔓延，狄鋒不久憂憤而死，韓世忠獨力難支，聽從部下的勸告，僅率千余未染病的將士突圍南返，戰斗中韓世忠身受重傷，雙手僅余四指，回到東京開封后又被言官彈劾擅離職守，其麾下將士不服，殺死言官拋入河中，趙構聞訊將韓世忠免職，遣回原籍，不久韓世忠郁憤而亡。
    瘟疫向中原內地擴散，橫掃整個長江以北地區。瘟疫所到之處，到處都是死亡的人。根據當時文人的記錄，“如果有人染上瘟疫而死，那么所有拜訪過他、和他做過生意甚至把他抬到墳墓里的人很快都會步其后塵。”在東京開封，瘟疫傳染的速度是如此之快，以至于裝滿尸體的車子像洪水一般涌向城外，日夜不息。而據另一位文士的記載，在太原城，情景同樣恐怖：“因為這種惡疾是借助呼吸道傳染的，故當人們交談時，即從一人傳染至另一人。所有病者皆感覺劇痛難忍，有的人渾身顫抖；結果臂部及股部皆會呈現膿皰，大如豆核，它們感染并貫穿至體內，至使病者猛烈吐血。此種可怖癥狀醫治無效，持續三日后即告死亡。不僅與患者交談可招致死亡，就是從病者那里買到、接觸到、拿到任何東西，都能受傳染而死”。
    面對突如其來的瘟疫，人們無法解釋，更無法治療。為了尋求寄托，人們便紛紛來到寺院，期望得到仙佛神靈的保護和安慰。在和尚道士的帶領下，他們一起禱告，祈求神佛阻止這種瘟疫的蔓延。但是他們的祈禱沒有任何結果。相反，死者越來越多，人們日夜不停地掩埋著送來的死者。為了阻止瘟疫的擴散，死者的房子被封閉，沒有人敢踏進它們一步。
    在黑死病的襲擊之下，整個宋朝陷入一片恐慌。人們發現任何人一旦染病，幾乎沒有可能康復，其傳播速度極其迅猛，似乎一個人就足以傳染全世界。驚恐之下，人們甚至把仍然活著的染病者的門和窗全部用木板釘起來，最終讓他們在里面餓死。根據當時的各種文獻記載：由于恐懼深入人心，兄弟姐妹之間、叔侄之間、夫妻之間互相拋棄，甚至更有甚者，父母丟棄孩子而不加照料。人們紛紛拋棄病人，丟掉家產，以期保全自己。還有些人正好相反。他們認為及時行樂有利于抵御黑死病。于是他們飲酒放歌，尋歡作樂，不分晝夜。有時他們也闖進別人的房子，尋找愉悅感官的刺激。由于當時許多人舍家棄產，他們的這種行為得到縱容。結果，許多房舍成了公共財產，這些人使用別人的物品，仿佛在使用自己的一樣。官吏幾乎消失，因為像其他人一樣，他們非死即病，或干脆把自己和家庭封閉起來，疏于職守。不過情況最常見的是，大批人離棄他們的城市、家園、居所、親戚、財產，只身逃到鄉下。結果這種行為更進一步助長了瘟疫的蔓延。